La Facultad fue creada por acuerdo de la Junta Directiva de la Universidad de Valparaíso el 23 de agosto de 1999 y su funcionamiento como tal se inicia el primero de enero del año 2000.

Está concebida con una estructura interdisciplinaria flexible y adaptativa, organizada sobre la base de Programas de Investigación y Programas de Docencia de pre y postgrado. Cada programa cuenta con objetivos y metas específicas.

Esta Facultad corresponde al desarrollo alcanzado por el Instituto de Oceanología que fue creado en el año 1941, como Estación de Biología Marina de la Universidad de Chile. Como entidad pionera en su género en Sudamérica, ha ejercido un rol fundamental en el desarrollo de las ciencias del mar, lo que ha permitido el establecimiento de vínculos con agencias especializadas de organismos internacionales tales como UNESCO, FAO, OEA, CPPS, PNUMA, CEPAL y con instituciones universitarias similares del pais y del extranjero.